Los comités son grupos de trabajo temáticos encargados de un tema específico que con apego a las disposiciones consensuadas en los acuerdos y tratados comerciales tienen establecidas determinadas competencias. Mediante los diferentes acuerdos y tratados se han conformado las siguientes instancias: Comité de Comercio de Mercancías, Comité de Comercio Agropecuario, Comisión de Revisión Agrícola, Comité de Asuntos Sanitarios y Fitosanitarios, Comité de Obstáculos Técnicos al Comercio, Comité de Servicios Financieros, Consejo de Asuntos Laborales, Consejo de Asuntos Ambientales, Comité de Cooperación para la Creación de Capacidades Comerciales Relacionadas con el Comercio y Grupo de Trabajo Ad- Hoc sobre Administración Aduanera y Facilitación al Comercio.
